琴研院从专利申请、专利维护、专利评估三个方面展开专利管理工作。澳门大学科研人员作为发明人可通过琴研院提出专利申请的需求，琴研院在专利受理、初审合格、公开实审、授权全流程提供跟踪服务，并进行年费缴纳、知识产权奖补申请、专利奖项申请（湾高赛、广东省专利奖）、专利转化等专利维护工作。琴研院已取得广东省专利快速预审资格，为琴研院于新一代信息技术和生物医药产业方面的知识产权提供快速协同保护。涉及使用琴研院知识产权进行作价入股时，琴研院可根据实际情况需要委托具备法定评估机构进行专项资产评估。